Na kilka dni przed powrotem do treningów po przerwie letniej, pomiędzy sezonami, do klubu z Leverkusen dotarła fatalna wiadomość. 12. czerwca 2009 roku, kiedy to Patrick Helmes przebywał na urlopie, podczas gierki z przyjaciółmi zerwał wiązadła krzyżowe w kolanie. Kontuzja ta, wykluczyła go z gry na okres ok. 5 miesięcy.
W środę Helmes wrócił do treningów i ponownie może grać w piłkę ze swoimi kolegami z drużyny. ?Powoli robi się co raz lepiej. Po meczu z Eintrachtem Frankfurt będę mógł już na 100% angażować się podczas treningów. Kolano nie sprawia żadnych problemów i czuję się już absolutnie zdrowy?- zakończył były piłkarz FC Koln.
Helmes jest już naprawdę blisko powrotu na boiska Bundesligi. Lecz sam fakt tego, że wyleczył kontuzję nie oznacza iż wskoczy ?z miejsca? do pierwszego składu, gdyż konkurentów ma nie byle jakich. Są nimi Eren Derdiyok, który przed sezonem dołączył do zespołu ?Aspiryn? i na swoim koncie zgromadził już 4 bramki, oraz Steffan Kiessling, który ze strzelonymi sześcioma bramkami lideruje w klasyfikacji króla strzelców. Tak więc widzimy jaki ból głowy będzie miał obecny trener Bayeru- Jupp Heynckes, przy wyborze napastników do pierwszej jedenastki. Na chwile obecną wydaje się, iż to właśnie powracający do gry Helmes, nie załapie się do wyjściowego składu.
Warto przypomnieć że w poprzednim sezonie, były trener-Bruno Labbadia, w każdym meczu Bundesligi, od pierwszych minut wystawiał Helmesa, który raz za razem odwdzięczał mu się, strzelając 21 bramek w sezonie. Natomiast w niemieckiej reprezentacji rozegrał on dwanaście spotkań i zdobył w nich tylko jedną bramkę.
