Wszystko zaczęło się od listu do rady dyrektorów firmy Bayer. W lutym 1903 roku Wilhelm Hausschild, były sekretarz Stowarzyszenia Gimnastyki w Wuppertal, wysłał pismo podpisane przez 170 pracowników do zarządu przedsiębiorstwa z prośbą o utworzenie klubu sportowego i sekcji gimnastycznej.
Odpowiedź nadeszła 1 lipca 1904 roku i w związku z tym założony został jeden z pierwszych niemieckich zakładowych klubów sportowych, gdzie od razu było zapotrzebowanie na piłkę nożną.
Na początku XX wieku, piłka nożna stawała się coraz bardziej popularna, ale założyciele klubu ze swoim przywiązaniem do gimnastycznych tradycji, nie byli w stanie wesprzeć tych wniosków.
Wszystko zmieniło się trzy lata później. Sekcja gimnastyki i klub sportowy jednogłośnie zagłosowali za utworzeniem drużyny piłkarskiej, która powstała 31 maja 1907 roku w restauracji Wiesdorfer Hof. 23 zawodników i 4 kibiców – było częścią silnej 176 osobowej załogi klubu gimnastycznego. Potrzebny był jednak kompromis pomiędzy piłkarzami a gimnastykami. Zatem piłkarze zgodzili się trenować raz w tygodniu z piłkami lekarskimi.
Ich przywiązanie do firmy pozwoliło sformułować prośbę o noszenie loga fabryki na strojach. Na Boże Narodzenie w 1907 roku drużyna została obdarzona strojami z herbem, który zawierał lwa z kulą ziemską. Pierwszy mecz został rozegrany w sierpniu 1907 roku przeciwko Manfort Ball Games Club.
Cztery lata po założeniu sekcji piłkarskiej, drużyna awansowała do drugiej ligi powiatu kolońskiego. Potem zespół natrafił na przeszkodę, piłkarze nie mogli znaleźć odpowiedniego miejsca do rozgrywania spotkań. Nadejście I Wojny Światowej położyło kres rozgrywaniu meczów piłkarskich. Zaraz po wojnie, piłkarze powrócili na właściwą drogę i odnaleźli swoją siedzibę w pobliżu łąk Dhünnaue w dzielnicy Leverkusen-Wiesdorf. W roku 1923 drużyna piłkarska została odłączona od sekcji gimnastycznej. Było to spowodowane przez Konserwatywny Niemiecki Związek Gimnastyki, który nalegał na odseparowanie gimnastyki od piłki nożnej.
Drużyna grająca pod nazwą Fußballverein 04 Leverkusen zrzeszała 150 członków, którzy zatrudnieni byli w fabryce.
W ciągu następnych pięciu lat klub został rozszerzony o sekcje piłki ręcznej i lekkiej atletyki. Boks istniał od początku założenia klubu. Sekcje obejmujące różne sporty (lekkoatletyka, piłka nożna, boks i piłka ręczna), przyczyniły się do założenia klubu funkcjonującego pod nazwą Sportvereinigung Bayer 04 Leverkusen.
Rok 1931 był kamieniem milowym w historii Bayeru Leverkusen. Zwycięstwo 3:1 w meczu z Langenfeld, przypieczętowało długo oczekiwany awans do pierwszej ligi powiatu kolońskiego. Klub przeniósł się z Dhünnaue na nowy stadion, który później nazwano Am Stadtpark. Obiekt ten był siedzibą Bayeru aż do roku 1958, kiedy to otwarty został Ulrich Haberland Stadion.
Kilka lat później, w maju 1936 roku, krzyż Bayeru zastąpił na klubowym godle lwa. Jedenastka Bayeru, ubierała nowe klubowe barwy podczas meczu o awans z Solingen 95, z przywiązania do przedsiębiorstwa, dla którego pracowali i awansowali w nich do drugiej najwyższej klasy rozgrywkowej w Niemczech.
Historyk Bayeru, Walter Scharf powiedział: ? Zespół był tak ściśle związany z fabryką w Leverkusen ze względu na fakt, iż prawie wszyscy sportowcy reprezentujący klub właśnie tam pracowali.
Piłka Nożna w Leverkusen nie była w stanie uniknąć skutków, które niosła ze sobą wojna. Coraz więcej kibiców przychodziło oglądać spotkania na boisko wybudowane przy parku miejskim w 1941 roku. Ale liga piłki nożnej musiała zostać w końcu przerwana.
Zaraz po wojnie rozgrywki zostały wznowione. Werkself zaczęli dominować w pierwszej lidze powiatu kolońskiego po decyzji tamtejszego związku piłki nożnej, która nakazywała wprowadzić ligę amatorską, a obecne rozgrywki podzielić na dwie sekcje.
W 1949 roku Bayer 04 po raz pierwszy zapukał do drzwi najlepszego futbolu. Doszło do bezpośredniego pojedynku sąsiadów, którzy zajmowali dwa czołowe miejsca w grupie regionalnej, Bayeru Leverkusen i 1. FC Koln. Wyjazdowy mecz, przegrany 0:2 na kolońskim Welodromie, zgromadził ponad 25.000 kibiców. Przed własną publicznością, wcale nie poszło nam lepiej. Bayer przegrał dwoma bramkami 1:3. Drużyna z Kolonii awansowała do Oberligi zachodniej.
Pomimo tego, iż czerwono-czarni z Leverkusen, zaprzepaścili szansę awansu do najwyższej ligi w Niemczech, zarząd klubu podjął bardzo istotną decyzję. Podczas zebrania, w tym samym roku, zgromadzenie zagłosowało za wprowadzeniem w Leverkusen profesjonalnego futbolu.
Już na początku lat 50-tych, piłkarzom Bayeru Leverkusen udało się awansować do Oberligi zachodniej, była to wówczas najwyższa klasa rozgrywkowa w Niemczech.
Takie nazwiska jak Theo Kirchberg, Heinz Papenhoff, czy Emil Becks, decydowały wówczas o sile Bayeru. W sezonie 1953/54, graczom z Leverkusen zabrakło zaledwie trzech punktów, by wejść do finałowej batalii o mistrzostwo Niemiec.
Przez pięć najbliższych lat, Bayer cały czas piął się w górę. Do czasu, aż pod wodzą trenera Seppa Kretschmanna, niespodziewanie zaliczył spadek do 2. ligi. Mimo spadku do 2. ligi, w Leverkusen wciąż wszyscy liczyli na sukcesy sportowe i postanowiono wybudować nowy stadion.
W 1958 roku piłkarze i lekkoatleci TSV Bayer 04 Leverkusen, przenieśli się na świeżo wybudowany obiekt – Ulrich-Haberland Stadion.
Bayer większość lat sześćdziesiątych spędził w niemieckiej drugiej lidze. W 1962 roku klub ponownie wspiął się do gry w najwyższej klasie rozgrywkowej. Rok później powstała profesjonalna 1. Bundesliga, do której Bayer niestety się nie zakwalifikował i nowy sezon rozpoczął w lidze regionalnej.
Celem klubu stał się awans do najwyższej klasy rozgrywkowej w Niemczech. I to udało się prawie w roku 1968.
Po ostatniej kolejce, tego bardzo nerwowego sezonu, Leverkusen wyprzedziły w tabeli tylko dwa zespoły, Rot-Weiß Essen i Rot-Weiß Oberhausen, które awansowały później do Bundesligi. W najważniejszych meczach sezonu – barażach o Bundesligę, nie wiodło się Bayerowi. Polegliśmy z ekipą Offenbach Kickers. W pierwszym meczu remisując 1:1, by w rewanżu przegrać 1:2.
Po sezonie, w którym prawie udało się awansować do elity, nasza drużyna bardzo zmiennie grało w lidze regionalnej.
Pod koniec lat 70-tych, Bayer 04 po długich staraniach wskoczył w końcu do 1. Bundesligi.
Nim udało się awansować, Bayer zaliczył najpierw spadek. W 1973 roku, nasza drużyna przegrała ostatni mecz w Regionallidze i na dwa lata spadła do amatorskiej Verbandsligi.
W 1974 roku, sezon zakończył się dla nas jednak od razu pierwszym miejscem w tabeli. Zostaliśmy mistrzem, lecz przez powstanie 2. Bundesligi, nie awansowaliśmy do wyższej klasy rozgrywkowej. Dopiero w następnym sezonie udało się wywalczyć awans do grupy północnej 2. Bundesligi, gdyż wtedy liga ta składała się z dwóch grup – północnej i południowej.
W końcu nadeszła istotna data dla naszego klubu – 12 maja 1979 roku. Po remisie 3:3 z Bayerem 05 Uerdingen, Bayer 04 Leverkusen został wynagrodzony za wszystkie wysiłki i awansował bezpośrednio do najwyższej klasy rozgrywkowej w Niemczech – 1. Bundesligi.
W tamtych czasach, czarno-czerwonych barw bronili tacy gracze jak m.in. Norbert Ziegler, Thomas Hörster czy Jürgen Gelsdorf. Udział w awansie miał także trener Willbert Kremer, który trenował Aspiryny od 1976 r. Również, dzięki Kremerowi, drużynie udało się pozyskać, późniejszego menadżera – Reinera Calmunda, który opuścił rywala „zza miedzy” – SpVg Frechen 1920.
Na inaugurację pierwszego sezonu w 1. Bundeslidze, przyszło nam się zmierzyć od razu z drużyną Bayernu Monachium. Mecz zakończył się porażką 1:3.
Pierwszą bramkę dla Bayeru w Bundeslidze zdobył w tym meczu Dietmar Demuth, z rzutu karnego. Pierwszy sezon w Bundeslidze Aptekarze zakończyli na 12. miejscu w tabeli.
Lata spędzone w Bundeslidze zaowocowały w końcu udziałem w europejskich pucharach. W sezonie 1983/84, Bayer zajął siódme miejsce w Bundeslidze, które niestety nie pozwoliło jeszcze na zakwalifikowanie się do Pucharu UEFA.
To jednak w tym roku, Bayer stracił status niezależnego klubu, łącząc się z sekcją gimnastyczną w jeden team, pod nazwą TSV Bayer 04 Leverkusen, co przełożyło się rozwój całego klubu.
W 1986 roku Bayer zakwalifikował się po raz pierwszy do Pucharu UEFA. Pierwszym rywalem w sezonie 1986/1987 był szwedzki Kalmar FF, którego Bayer odprawił bez problemu, pokonując 4:1 i 3:0. Strzelcem pierwszego gola dla Bayeru w tych rozgrywkach był Christian Schreier.
Niestety, w kolejnej rundzie nasi zawodnicy musieli uznać wyższość czeskiej Dukli Praga, po remisach 0:0 na wyjeździe i 1:1 u siebie, odpadł stosunkiem bramek zdobytych na wyjeździe.
W kolejnym jednak sezonie, trener Erich Ribbeck poprowadził zespół do największego sukcesu w historii, 18 maja 1988 roku Bayer wywalczył Puchar UEFA.
Finał tego pucharu był rozgrywany wówczas systemem mecz-rewanż. W pierwszym meczu Bayer przegrał sromotnie na wyjeździe z Espanyolem Barcelona 0:3.
To nie podłamało jednak naszych piłkarzy. Fenomenalny mecz rewanżowy na Ulrich-Haberland Stadion w obecności 22 000 widzów. Bramki Tity, Falko Gotze i Cha Bum-Kuna doprowadzają do dogrywki, która nie przynosi rozstrzygnięcia. W rzutach karnych kunszt pokazuje jednak obecny trener bramkarzy Rudiger Vollborn, broniąc jeden rzut karny, a Bayer ostatecznie wygrywa 3:2.
Warto wspomnieć, że swój spory udział w tym sukcesie miał Polak Andrzej Buncol. Bayer w drodze po zwycięstwo odprawił takie firmy, jak Barcelona, Werder Bremen, Feyenoord Rotterdam, Toulouse i Austrię Wiedeń.
Skład Bayeru z rewanżowego meczu finału:
Rüdiger Vollborn – Wolfgang Rolff (kapitan), Erich Seckler, Alois Reinhardt, Knut Reinhardt – Christian Schreier (46 Herbert Waas), Andrzej Buncol, Ralf Falkenmayer, Cha Bum-Kun – Falko Götz, Tita (62 Klaus Täuber).
Ostatnie dziesięciolecie XX wieku, to kolejne sukcesy Bayeru. Na początek, w sezonie 1990/1991, Bayer dotarł do ćwierćfinału Pucharu UEFA. 12 czerwca 1993 roku na stadionie Olimpijskim w Berlinie, klub z Leverkusen odniósł swój największy krajowy sukces, zdobywając Puchar Niemiec.
Rywalami podopiecznych Dragoslava Stepanovica byli amatorzy miejscowej Herthy BSC, a gola dającego trofeum w 77 minucie zdobył Ulf Kirsten. Kirsten ponadto, w lidze z 20 bramkami, został pierwszym królem strzelców w barwach Bayer Leverkusen.
Skład Bayeru z finału Pucharu Niemiec:
Rudiger Vollborn – Franco Foda, Christian Worns, Martin Kree, Andreas Fischer – Heiko Scholz, Ioan Lupescu, Pavel Hapal, Markus Happe – Ulf Kirsten, Andreas Thom.
W kolejnym sezonie, Bayer po raz pierwszy zajął miejsce na podium w Bundeslidze, uzyskując trzecią lokatę.
W tym samym roku, dotarł do ćwierćfinału nieistniejącego już Pucharu Zdobywców Pucharów. Jeszcze lepszą przygodę z europejskich pucharami Bayer zanotował w kolejnym sezonie, gdy dotarł do półfinału Pucharu UEFA.
Nerwowym sezonem był 1995/96, gdy utrzymanie w Bundeslidze Bayer zapewnił sobie w ostatniej kolejce, remisem 1:1 z 1 FC Kaiserslautern.
W następnym sezonie drużynę przejął Christoph Daum i wraz z zespołem został wicemistrzem Niemiec. Ulf Kirsten z 22 bramkami sięgnął wtedy po kolejną koronę króla strzelców w Bundeslidze, co powtórzył rok później.
Dzięki wicemistrzostwu, Bayer zadebiutował w wielkiej Lidze Mistrzów, dochodząc od razu do ćwierćfinału. Pierwszy mecz Bayer w tych rozgrywkach zagrał w eliminacjach z Dinamo Tibilisi, gromiąc gruziński zespół aż 6:1. Pierwszego gola w Lidze Mistrzów zdobył Hans-Peter Lehnhoff.
W tych samych latach przebudowany został stadion Haberland, któremu nadano nazwę BayArena i mógł pomieścić 22.500 tys. widzów.
Piłka Nożna w Leverkusen rozwinęła się jeszcze bardziej w 1998 roku, kiedy to Bayer 04 Leverkusen przekształcił się w Bayer 04 Leverkusen Fußball GmbH. Na czele zarządu klubu stanęli wówczas Wolfgang Holzhauser i Reiner Calmund. Na koniec XX wieku, Bayer po raz drugi został w Bundeslidze wicemistrzem.
Nowe tysiąclecie rozpoczęło się od serii sukcesów. Po ukończeniu Bundesligi dwukrotnie w czołówce, celem stał się tytuł mistrzowski w sezonie 1999/2000.
Tytuł był na wyciągnięcie ręki. Bayer w tym sezonie zanotował swoje najwyższe zwycięstwo w historii pokonując SSV Ulm 1846 aż 9:1.
Przed ostatnią kolejką Bayer miał trzy punkty przewagi nad Bayernem Monachium. Wystarczyło zremisować w meczu z Unterhaching. Niestety piłkarze z Leverkusen przegrali, bezpośredni rywal w walce o tytuł wygrał i to zawodnicy z Monachium zdobyli „majstra”.
W sezonie 2001/2002 Bayer 04 był bliski zdobycia trzech trofeów, a niestety nie zdobył żadnego. W lidze podopiecznych Klausa Toppmöllera, wyprzedziła o jeden punkt Borussia Dortmund. Z kolei w finale Pucharu Niemiec lepsze okazało się Schalke, wygrywając 4:2.
Najbardziej szkoda jednak przegranej w Lidze Mistrzów. Po fantastycznej przygodzie, wyeliminowaniu Manchesteru United, Liverpoolu, zwycięstwach z Juventusem, Lyonem, Deportivo, Barceloną – Bayer dopiero w wielkim finale na stadionie w Glasgow został zatrzymany przez Real Madryt, wygrywając po niezwykle dramatycznym meczu 2:1. Bramkę w tym finale dla podopiecznych Klausa Toppmollera zdobył Lucio.
Skład Bayeru z finału Champions League:
Hans-Jörg Butt – Zoltan Sebescen (65 Ulf Kirsten), Boris Živković, Lúcio (90+1 Marko Babić), Diego Rodolfo Placente – Bernd Schneider, Carsten Ramelow (kapitan), Yildiray Bastürk, Michael Ballack – Oliver Neuville, Thomas Brdarić (39 Dimitar Berbatow).
W następnym sezonie, drużynę opuściło kilku zawodników, a Bayer dopiero w ostatniej kolejce, zwycięstwem z Norymbergą, zapewnił sobie utrzymanie w Bundeslidze.
W sezonie 2004/2005, Reiner Calmund zrezygnował ze stanowiska dyrektora sportowego ze względu na kłopoty zdrowotne. To jednak w tych latach, Bayer pod wodzą Klausa Augenthalera, ponownie przypomniał o sobie w Europie, gdy w Lidze Mistrzów zrewanżował się Realowi, pokonując tę ekipę na BayArenie aż 3:0, a cała nasza drużyna otrzymała od prasy ocenę 1 za ten mecz, czyli klasa światowa.
Ostatecznie, Aptekarze dotarli do 1/8 rozgrywek, zatrzymani przez Liverpool. Po drodze odnieśli jednak zwycięstwa nad Romą, Dynamem Kijów, a motorem napędowym zespołu był Jacek Krzynówek i fantastyczny duet napastników: Berbatow – Franca.
W kolejnych latach Bayer miał problem by uplasować się na podium Bundesligi, mimo tego, dwa razy pod rząd w sezonach 2006/2007 i 2007/2008 dotarł do ćwierćfinału Pucharu UEFA. Ponownie bliski wywalczenia sukcesu Bayer był w sezonie 2008/2009, gdy dotarł do finału Pucharu Niemiec, ulegając tam jednak 0:1 Werderowi.
Równie udany sezon Bayer miał rok później, gdy wywalczył tytuł mistrza jesieni i ustanowił rekord Bundesligi, nie przegrywając 24 spotkań od początku sezonu. Mimo tego, po słabszej końcówce sezonu, Aptekarze zajęli dopiero 4 miejsce.
Kolejny sezon, ponownie przyniósł wielki sukces, jakim było piąte już wicemistrzostwo Niemiec, drużyny prowadzonej przez Juppa Heynckesa.
W między czasie, rozbudowano także BayArenę, która od sierpnia 2009 może pomieścić 30 210 widzów. Gruntownemu remontowi uległ także boczny stadion Ulrich-Haberland Stadion.
W sezonie 2011/2012 Bayer prowadził trener Robin Dutt (Jupp Heynckes odszedł do Bayernu Monachium), który z drużyną Aptekarzy po sześciu latach ponownie zagrał w Lidze Mistrzów. Tam Aspiryny przebrnęły fazę grupową (pokonali m.in. u siebie Chelsea Londyn – późniejszego triumfatora), jednak w 1/8 doznali sromotnej klęski, przegrywając w dwumeczu z Barceloną aż 2:10 (1:7 na Camp Nou).
W Bundeslidze naszemu zespołowi również nie szło zbyt dobrze. Pod koniec sezonu Robina Dutta zastąpił duet trenerski: Sascha Lewandowski i Sami Hyypia, który ostatecznie doprowadził Bayer do 5 miejsca na koniec sezonu i gry w Lidze Europejskiej.
W sezonie 2012/2013, Bayer z duetem trenerskim na ławce, został wicemistrzem jesieni, bez porażki na własnym stadionie. Ostatecznie, na koniec sezonu zajął trzecie miejsce i w kolejnym sezonie Aptekarze znów zagrają w Lidze Mistrzów.
Co najważniejsze jednak, po 15 latach na BayArenę wróciła korona króla strzelców, która trafiła w ręce Stefana Kiesslinga, który strzelił w całym sezonie w lidze aż 25 goli. Do tych goli Kiess dołożył 10 asyst, dzięki czemu wygrał także klasyfikację kanadyjską.
Od sezonu 2013/2014 zespół Bayeru samodzielnie prowadził Sami Hyypia, zaś Sascha Lewandowski objął stanowisko koordynatora grup juniorskich. Pod wodzą Fina Bayer powtórzył osiągnięcie sprzed roku i na półmetku sezonu zajmował drugie miejsce w tabeli. Niestety, wiosną drużyna przechodziła spory kryzys formy. Po awansie z ciężkiej grupy w Lidze Mistrzów (rywalami Aptekarzy byli Manchester United, Szachtar Donieck i Real Sociedad San Sebastian) Bayer w 1/8 finału poległ w dwumeczu z Paris St. Germain. Kiepskie wyniki w lidze doprowadziły do zwolnienia Samiego Hyypii, którego na pięć ostatnich kolejek z powodzeniem zastąpił Lewandowski. Nowy-stary trener odmienił zespół, który znów zaczął wygrywać i zakończył sezon na 4. pozycji.
Po zakończeniu rozgrywek Sascha Lewandowski wrócił do pracy z juniorami, zaś drużynę objął Roger Schmidt (poprzednio trener Red Bull Salzburg, z którym wywalczył mistrzostwo Austrii). W swoim pierwszym sezonie miał kilka obiecujących momentów, ostatecznie zajął z drużyną 4. miejsce na koniec sezonu Bundesligi oraz awansował do 1/8 Ligi Mistrzów i 1/4 Pucharu Niemiec.